Pemilihan PKR bermula pada 4 April 2014. Khalid Ibrajhim mengumumkan akan bertanding jawatan Timbalan Presiden PKR.[23] Beliau selaku ADUN Ijok, kalah dalam pemilihan PKR Ijok kerana isu gagal mengekalkan kemudahan awam seperti padang bola , tapak kuil Hindu serta tanah wakaf Masjid Kampung Ijok, tanah perkuburan Islam dan pusat komuniti Cina.[24]

S. Manikavasagam bekas Ahli Parlimen Kapar dan calon Ketua Cabang Kuala Selangor menuduh Khalid Ibrahim terlibat dengan politik wang.Pada 15 Mei 2014, Biro Politik yang dipengerusikan oleh Timbalan Presiden PKR, Azmin Ali memberi surat tunjuk sebab kepada Manikavasagam kerana melanggar Perkara B.7 Tataetika Pemilihan PKR.[25]